地球生态系统中病毒无处不在，且数量众多，几乎可以感染所有的细胞生命体。而环境病毒组的研究主要聚焦在水生环境特别是海水中，并取得了重要的进展。研究报道通过每天溶解海洋中约三分之一的微生物，病毒以溶解有机碳(DOC)和颗粒有机碳(POC)的形式促进营养物质的释放。同时，基于宏基因组学研究，病毒可以通过表达病毒编码的辅助代谢基因(AMGs)，来重新编程其宿主的代谢，而这些AMGs通常含有广泛的代谢机制，涵盖了C、N、S、P主要元素循环。
而在陆地生态系统中，病毒可能是环境碳和营养元素循环的关键因子。1g土壤可携带多达1010种病毒，有时超过了共存细菌的数量，温度、pH值、营养状况和湿度等环境因素时刻影响土壤病毒的活性，促进病毒群落的变异。同时，病毒群落通过感染、裂解、水平基因转移等方式影响微生物群落的组装、动态变化及功能多样性。而病毒复制的前提是成功感染宿主，所以病毒类群的丰度和结构与其共存的宿主群落的组成趋势一定程度上紧密关联。
另一方面，病毒吸附在土壤颗粒上反过来受到土壤基质影响被限制移动，从而影响了病毒群落的空间分布。此时对不同土壤条件下病毒多样性模式的深入分析可以进一步了解病毒群落动态变化的驱动因素。同时，农耕土壤系统中，通过了解病毒群落对作物类型或土壤生化等的应答模式，对于揭示宿主-病毒互作关系影响土壤特性的潜力至关重要。
